Luego de obtenida la independencia del Perú en 1821, José de San Martín llama a elecciones para la constitución de un Congreso Constituyente que sancionara una Constitución para el nuevo país. Para ello se estableció un congreso unicameral bajo la presidencia de Francisco Xavier de Luna Pizarro.

Las diferencias entre el Libertador y un nuevo parlamento causó que este renuncie y se retire del país. La misma suerte corrieron José de La Mar y José de la Riva Agüero. En 1824, Simón Bolívar llegó al Perú y el Congreso de la República le entregó todo el poder. Bolívar sancionó una constitución a su medida y estableció un Congreso con - tres cámaras - . La de diputados, cómo la cámara baja, la de senadores cómo la cámara alta, y la de tribunos cómo una supra cámara. Esta constitución "vitalicia" no tuvo mucha vigencia y este modelo de congreso pasó al olvido.

La constitución de 1828, promulgada por José de la Mar estableció la bicameralidad, la misma que se mantuvo de manera ininterrumpida -salvo por el periódo de la Confederación Perú Boliviana - en todas las constituciones del Perú hasta el año 1992. Durante esos años, el congreso fue un protagonista principal de la agitada vida política del Perú. Varias veces su local fue clausurado, sus asambleas disueltas y sus presidentes nombrados cómo mandatarios del gobierno.

La Asamblea Constituyente de 1978, liderada por Víctor Raúl Haya de la Torre, estableció una Constitución en el plazo de un año, dando lugar así a la Constitución de 1979. En dicha asamblea, el Partido Aprista y el Partido Popular Cristiano tuvieron las mayorías.

Esa constitución estableció un Congreso Bicameral dónde la Cámara de Senadores se elegía por distríto único y la Cámara de Diputados por distrito múltiple (por cada Departamento, hoy Regiones). Este congreso estuvo en funciones hasta abril de 1992, siendo el que rigió durante los gobiernos de Fernando Belaúnde Terry, Alan García Pérez y hasta casi la mitad del primer gobierno de Alberto Fujimori en 1992.

El 5 de abril de dicho año, Fujimori disolvió el Congreso de la República para neutralizar a sus opositores Partido Aprista Peruano y FREDEMO. Su disolución se dio en medio de la Crisis constitucional de 1992, destituyendo así a Roberto Ramírez del Villar cómo Presidente de la Cámara de Diputados y a Felipe Osterling Parodi cómo Presidente del Senado.

En 1993 se convocó por última vez a la Asamblea Constituyente (Congreso Constituyente Democrático - CCD) quien sancionó la Constitución de 1993 (actualmente vigente). Esta Constitución estableció el modelo vigente del congreso con una sola cámara y 120 congresistas. En 1995 la congresista Martha Chávez fue la primera mujer en la historia peruana de ejercer la Presidencia del Congreso.

En los últimos cincuenta años varios Presidentes de la República del Perú, también fueron parlamentarios electos: Fernando Belaunde Terry, diputado independiente (1946); Alan García Pérez, diputado aprista (1980); y Valentín Paniagua Corazao, presidente de la Cámara de Diputados y presidente del Congreso.

Durante el 2005 y 2006 se habló muy seguido sobre la posibilidad de restituir la Carta Magna de 1979, aunque sin mayor éxito, ya que esta no contemplaba organismos actualmente vigentes cómo la Oficina Nacional de Procesos Electorales o la Defensoría del Pueblo.

El primer congreso tuvo dos sedes, la Cámara de Diputados sesionaba en la antigua casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y la Cámara de Senadores sesionaba en el antigo local de la Inquisición. Luego todo el parlamento se mudó a esta última sede.

Durante la historia del país, el congreso se convocó en varios lugares e incluso, durante la Guerra con Chile lo hizo de incógnito.

En el siglo XX el Congreso de la República se trasladó a su actual local del Palacio Legislativo del Perú en el centro de la ciudad de Lima frente a la - Plaza Bolívar a escasas cinco cuadras al este del Palacio de Gobierno.

Recientemente ha sido inaugurado una nueva sede legislativa con instalaciones ex profeso para cada una de las comisiones de trabajo y otras para el cumplimiento de otras labores del Parlamento. El edificio ha recibido el nombre del líder aprista "Víctor Raúl Haya de la Torre"

Cómo ya se ha mencionado, el Congreso era hasta 1992 un Parlamento bicameral y a entonces gozaba de una baja aprobación popular^{[ - cita requerida - ]}; esa es una de las razones por las que el autogolpe y la subsecuente disolución del Congreso -" - hasta la aprobación de una nueva estructura orgánica del Poder Legislativo - ^{[ - 2 ] -} " (A. Fujimori, 5 de abril de 1992)-, gozaron de un masivo apoyo popular^{[ - cita requerida - ]}. Hoy, sin embargo, a más de 13 años de haberse instalado la unicameralidad, la sensación general es que el Parlamaneto es cada vez más corrupto y sobre todo mediocre: " - cada nuevo Congreso es peor que el anterior - ^{[ - 3 ] -} ". ^{[ - 4 ] -} A agosto de 2008, la aprobación nacional urbana del Legislativo es de 9%, ^{[ - 5 ] -} y en algunas regiones del país no alcanza más que 5% de apoyo popular^{[ - cita requerida - ]}.

Es esa una de las razones por las que distintos analistas, constitucionalistas, y agrupaciones políticas han propuesto diversas reformas para el Parlamento; algunas de ellas iban a ser discutidas por el Pleno del Congreso en junio de 2008 ^{[ - 6 ] -} (finalmente el debate se frustró y fue postergado). Los dos puntos principales a los que dichas propuestas de reforma suelen referise son a la estructura del Poder Legislativo y al modo de elección de sus miembros.

Entre las propuestas más modestas se cuentan la renunciabilidad del cargo para los parlamentarios reelectos -propuesta impulsada por Javier Valle Riestra -, y la vacancia en el cargo para los que falten reiterada e injustificadamente a las sesiones del Pleno -impulsada por el otrora presidente de la Cámara Luis Gonzales Posada - ; esto último con el fin de asegurar un amplio quórum para tales sesiones, en dónde normalmente apenas si se cumple el reglamentario. Otra propuesta renovadora, planteada por el ex presidente del Parlamento Henry Pease, es sancionar severamente el transfuguismo al interior del hemiciclo.

Un punto que se ha tocado es el voto preferencial en las elecciones congresales: su existencia - focaliza la política en el congresista y no en el partido cómo actor principal en el juego democrático (Alberto Adrianzén), y genera graves conflictos y pugnas intestinas que desgarran los partidos políticos y las bancadas congresales. Cada congresista debe pelear su curul con su propio correligionario y cuando llegan al Congreso, el individualismo reina. Sin embargo, para la eliminación de dicho mecanismo -propuesta que ha encontrado eco en las voces de políticos cómo Felipe Osterling, Susana Villarán y Henry Pease -, se requeriría implementar una verdadera democracia interna en los partidos políticos, para lo que han sido presentados sendos proyectos de reforma ante el Congreso con el fin de que la ONPE organice las elecciones internas y sea el JNE quien administre la justicia electoral en esos casos.

Otro punto importante es la reducción del mandato parlamentario: renovación por tercios del Parlamento unicameral o, ya en la bicameralidad, un Senado elegido cada cinco años y una Diputación que se renueve por mitades cada dos años -un mandato de cuatro años de cada diputado-. Asimismo, se ha propuesto trasladar la simultaneidad de las elecciones presidenciales y congresales, a la segunda vuelta electoral con la finalidad de asegurarle mayoría al nuevo presidente; otros, por el contrario, estarían a favor de desligar completamente la elección presidencial y la congresal.

Otras propuestas son: la incorporación los partidos y movimientos regionales a la política nacional; el financiamiento estatal de los partidos políticos; - la adopción de la institución del - ombuds - o " - Defensor de la Política - " en la Ley de Partidos, para que cautele la ética política y reciba las quejas ciudadanas de quienes son representantes o funcionarios de confianza etcétera.